290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0018 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0058  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0058  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  89.8 
 
 		 324 bp  58  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>