245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0241 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0035  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.260401 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  95 
 
 		 80 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0670  tRNA-OTHER  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>