204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1532 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R33  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  87.18 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>