96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0018 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0239908  hitchhiker  0.00100418 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0053  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0013  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0934099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0049  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  82.89 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0009  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000133621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0009  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000152408  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  ABOO_t70  tRNA-Gln  100 
 
 		 121 bp  44.1  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>