116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0002 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  95.95 
 
 
77 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  88.89 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.67 
 
 
77 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  96.67 
 
 
74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  96.67 
 
 
74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0040  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  84.93 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1155  tRNA-Arg  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.268031  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  93.75 
 
 
79 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  93.75 
 
 
78 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  93.75 
 
 
78 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5695  tRNA-Arg  96.43 
 
 
81 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0775031  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.844027  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.833054 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0044  tRNA-Arg  93.55 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0235767  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0035  tRNA-Lys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.213529  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  90.7 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0062  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0038  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.63633e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0016  tRNA-Lys  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000757074  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0057  tRNA-Lys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.15 
 
 
82 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.15 
 
 
79 bp  44.1  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.15 
 
 
79 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  96.15 
 
 
79 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0553  replicative DNA helicase  100 
 
 
1485 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.78949  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.452504  normal  0.0973611 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0144  tRNA-Arg  96.15 
 
 
79 bp  44.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5292  tRNA-Arg  96.15 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5826  tRNA-Arg  96.15 
 
 
81 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0055  tRNA-Lys  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>