241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_02200 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  143  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 73 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  98.59 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  98.59 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 73 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 73 bp  127  4.0000000000000003e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 73 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0005  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  98.39 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  96.83 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1390  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0041  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0072  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0596228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0074  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.214945  normal  0.0186415 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0009  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.190028  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0075  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336588  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0073  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0334758  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0007  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0847038  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0099  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>