248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0028 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  88.41 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  88.41 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  88.41 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  88.41 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  88.41 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5670  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000995233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.41 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  88.41 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  88.41 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  88.41 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5656  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000763421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5803  tRNA-Lys  88.41 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0275  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  87.93 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  85.71 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  86.15 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  86.15 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  85.29 
 
 
74 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  84.21 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  83.78 
 
 
74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  87.1 
 
 
73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0032  tRNA-Lys  86.79 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0024  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00534379  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  84.93 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0007  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000317912  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0024  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.538836  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0023  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000608658  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>