88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0025 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0040  tRNA-Val  94.44 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  93.06 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  93.06 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0038  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0034789  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0039  tRNA-Val  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0049  tRNA-Val  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.890961 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10340  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0379292 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0046  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0035  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.476132 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0062  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0042  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.209916  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  86.3 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  86.3 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0332381  normal  0.0106585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0024  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.422383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0041  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345856  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0018  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00275689  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0072  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0041  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0015  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0114  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0064  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0147303  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0035  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0020  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000127781  normal  0.601367 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>