162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0046 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  98.59 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  98.59 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt11  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0034  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.9068  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0038  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0033  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13110  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0488167  normal  0.646736 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  93.94 
 
 		 324 bp  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08860  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00968271  normal  0.0225487 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>