299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0061 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0096  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000621353  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0020  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0370755  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0060  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635466  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0022  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0029  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11864  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0024  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0053  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0707  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0600854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0706  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R50  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R61  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0045  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0905677 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0049  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000555538  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0048  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000507488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0075  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000219757  hitchhiker  0.00000000043748 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4723  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.032e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0077  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.707613  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0078  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67777  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>