299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0025 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt11  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 67 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0806  hypothetical protein  92.86 
 
 		 108 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000935428 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0039  tRNA-OTHER  92.86 
 
 		 71 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.022052  normal  0.0225653 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>