199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0020 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0022  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.997438  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0028  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.718999  normal  0.480249 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0007  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt11  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0036  tRNA-Gly  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000263314  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0603  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508716  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  89.58 
 
 		 141 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  85 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0623  tRNA-Trp  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000134783  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0014  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000298802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>