137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt11 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt11  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt18  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0039  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.433295  normal  0.207379 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0018  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.746026  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0078  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0019  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0008  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0036  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000263314  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  87.5 
 
 		 324 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>