162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0057 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00400024  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0001  tRNA-Arg  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000193558  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0099  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108565  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0004  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0050  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000388549  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  89.86 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1468  tRNA-Arg  92.31 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1761  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2040  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000158642  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0014  tRNA-His  92.16 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0346111  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1683  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.792102  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2137  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00960478  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2212  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.249062  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000884624  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0012  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108996  unclonable  0.0000000137138 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.500837  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  86.96 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  89.58 
 
 
77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0014  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000281617  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0056  tRNA-Arg  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  84 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0014  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000388984  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0056  tRNA-Arg  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.771364  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  85.33 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0053  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0223382  normal  0.521756 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  92.11 
 
 
78 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  92.11 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  87.1 
 
 
73 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.904479  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  85.51 
 
 
73 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  85.51 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  84.62 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5694  tRNA-Arg  89.74 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000635784  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5726  tRNA-Arg  89.74 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000859141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000219464  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000847547  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000123447  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.74 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000523953  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353058  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5813  tRNA-Arg  89.74 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000449706  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  86.44 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5639  tRNA-Arg  89.74 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5732  tRNA-Arg  89.74 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.006627  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000072092  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.74 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692763  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0299  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000767893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5672  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000112746  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  82.67 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5028  tRNA-Arg  89.74 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000552339  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0218  tRNA-Arg  89.74 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000264905  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0860  tRNA-Arg  89.74 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000046411  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  82.67 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0024  tRNA-Arg  89.74 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0223361  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0051  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0104  tRNA-Arg  89.74 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000527432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>