208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0028 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0028  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.252739  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  91.53 
 
 
155 bp  69.9  0.00000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0014  tRNA-Val  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.269962  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15450  tRNA-Val  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0490498  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  89.8 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0050  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0048  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6554  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0041  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130016  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4579  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6551  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0057  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.085942  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0055  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168616  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0039  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4551  tRNA-Ile  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.349279  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0022  tRNA-Val  82.43 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.267849  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0026  tRNA-Val  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.211344  normal  0.0167997 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1888  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207939  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  84.48 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0048  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000440965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0052  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000386072  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  84.48 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0029  tRNA-Val  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0038  tRNA-Ile  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0085  tRNA-Ile  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0004  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105423  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000330461  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  100 
 
 
79 bp  44.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  100 
 
 
79 bp  44.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  44.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000849948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>