245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_R0048 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1045  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0746  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1046  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65202  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0025  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.810324  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  86.15 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0026  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.826255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>