114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0047 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0025  tRNA-Thr  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0012  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000302559  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0055  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15370  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00052169  normal  0.0383592 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0048  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000535442  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt24  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00317233 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0029  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00440397  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0028  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0045  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0032  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0017  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.545272  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0008  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0245883  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0062  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1676  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000911888  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2194  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000558715  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2230  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000875758  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5695  tRNA-Arg  100 
 
 		 81 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>