43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0002 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  97.06 
 
 		 74 bp  119  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  95.59 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0062  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  88.33 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_R0060  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0006  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.436797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12800  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00502179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0041  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.458673  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0552  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.775788  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0553  replicative DNA helicase  100 
 
 		 1485 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.78949  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.452504  normal  0.0973611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0035  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>