208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0012 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000302559  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0024  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000131276  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0020  tRNA-Thr  84.42 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.569703  normal  0.360507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0025  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>