271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0048 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000535442  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  91.94 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  91.94 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  91.94 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  91.94 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  91.94 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.73 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.32 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000810946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791725  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  93.88 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0047  tRNA-Thr  92.45 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  91.49 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  91.49 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  91.49 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  87.93 
 
 
155 bp  60  0.00000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  87.1 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0358  tRNA-Thr  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.187515  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  94.59 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0011  tRNA-Thr  96.88 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0488568  normal  0.109473 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0011  tRNA-Thr  96.88 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>