More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0578 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15370  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00052169  normal  0.0383592 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2194  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000558715  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1676  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000911888  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2230  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>