More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP_tRNA-Thr-3 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 78 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 78 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 78 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  98.28 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.2 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000810946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791725  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  96.23 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0048  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000535442  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  89.86 
 
 		 155 bp  81.8  0.00000000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>