206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0028 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t13  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0009  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000774106  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0001  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0487853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0020  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000489329  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0084  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0015  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122197  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0079  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.599912 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1676  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000911888  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2194  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000558715  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2230  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04020  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.730789  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0041  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.550306  hitchhiker  0.00560098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0090  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.28119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  100 
 
 		 69 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05971  hypothetical protein  100 
 
 		 207 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0437067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0019  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00557202  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0066  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00163637  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>