194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0017 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0017  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.545272  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0029  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00440397  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0028  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0045  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0032  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0008  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0245883  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0048  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000535442  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0021  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.178891  normal  0.0364051 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0008  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0978186  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00416188  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0041  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.495782 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15370  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00052169  normal  0.0383592 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0006  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.826789  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  85 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0006  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>