70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0015 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0003  tRNA-Thr  95.95 
 
 		 75 bp  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0011  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00527391  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0035  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.367362 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0003  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.110757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0020  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0058  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0054  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0048  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.219077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA25  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0042    90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00632518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0040  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0026  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.219197  normal  0.118298 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0057  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0043  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0028  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158394  normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309158  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0034  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.195631  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309083  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.339408  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0028  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.370353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4304  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300189  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309283  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0008  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0035  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309114  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309180  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.107667  normal  0.373641 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309356  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.331876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0007  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000187685  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_326  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00688078  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179281  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0015  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.870912 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0730  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0012  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.790999  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0014  tRNA-Tyr  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0053  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0007  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0315655 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0552  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.775788  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0553  replicative DNA helicase  100 
 
 		 1485 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.78949  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.452504  normal  0.0973611 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  83.87 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0035  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0039  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.788311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>