42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA25 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA25  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0028  tRNA-Thr  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0042  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158394  normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0035  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.367362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0020  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0048  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.219077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0054  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0058  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0011  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00527391  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0040  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0026  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.219197  normal  0.118298 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0003  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.110757 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0057  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0043  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0042    90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00632518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0003  tRNA-Thr  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0035  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309180  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.107667  normal  0.373641 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309114  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0008  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0015  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.870912 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309356  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.331876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309158  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0034  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.195631  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309083  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.339408  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0015  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309283  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0030  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.981752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_326  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00688078  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179281  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0049  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0007  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000187685  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0041  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.550306  hitchhiker  0.00560098 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0004  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0005  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.570473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R08  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0050  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0330794  normal  0.0472699 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249059  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>