47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0026 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0042    100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00632518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0057  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.219197  normal  0.118298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0054  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0048  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.219077 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0020  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0058  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0035  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.367362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0042  tRNA-Thr  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158394  normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA25  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0011  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00527391  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0003  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.110757 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0003  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0028  tRNA-Thr  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4304  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300189  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0028  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.370353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>