37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0042 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158394  normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0028  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA25  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0042    92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00632518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0040  tRNA-Thr  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0026  tRNA-Thr  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.219197  normal  0.118298 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0057  tRNA-Thr  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0043  tRNA-Thr  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0035  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.367362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0020  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0058  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0054  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0048  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.219077 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0011  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00527391  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0003  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.110757 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0003  tRNA-Thr  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309180  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.107667  normal  0.373641 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0035  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309114  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0008  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0015  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.870912 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309356  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.331876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309158  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309083  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.339408  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0034  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.195631  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309283  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0015  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0004  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0041  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.550306  hitchhiker  0.00560098 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0005  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.570473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0030  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.981752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179281  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_326  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00688078  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0007  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000187685  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249059  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>