260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0009 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0037  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000315288  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  90.77 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0050  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0330794  normal  0.0472699 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  97.73 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309270  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0004  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0005  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.570473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0041  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.550306  hitchhiker  0.00560098 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0041  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0044  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0025  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.146097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0075  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0008  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0978186  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0038  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000295037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0022  tRNA-Met  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000777036  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0020  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.569703  normal  0.360507 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309366  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.983743  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>