More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0011 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0040  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000943403  normal  0.0843805 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0042  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0004  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000770056 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0035  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000297756  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0048  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000458542  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0046  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000479411  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0049  tRNA-Val  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000361087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0069  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000032502  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0035  tRNA-Val  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0079  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.262586  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0071  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0054  tRNA-Val  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682201  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0087  tRNA-Val  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000197296  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0074  tRNA-Val  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0051  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0030  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000010319  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0455  tRNA-Val  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1582  tRNA-Val  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1617  tRNA-Val  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.623903 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0014  tRNA-Val  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0051  tRNA-Val  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0023  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000500863  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000443719  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0027  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1227  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.411176  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0024  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0168  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1830  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.367633  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0057  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00234927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0058  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00230233  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0059  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00221278  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-1  tRNA-Val  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00200335  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00469  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  91.23 
 
 		 378 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt21  tRNA-Val  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  91.23 
 
 		 367 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt21  tRNA-Val  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00375  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00250  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06828  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000373011  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0037  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000442416  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0016  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0027  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000361499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0011  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000637042  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R10  tRNA-Val  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0029  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000448285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0032  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.69442e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0005  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>