99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0038 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0835674  normal  0.174282 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0036  tRNA-Val  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12080  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.116245  normal  0.143948 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0009  tRNA-Asn  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.940514  normal  0.189803 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2130  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1570  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.736418  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2208  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0169  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.905096  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  83.78 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0063  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.362704  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0081  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0078  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000025771 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0068  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.437414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0067  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0066  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0904  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0409  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000026925  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3223  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0588431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3222  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.055188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3221  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0555277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3220  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0584974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3218  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.229381  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>