299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_R0040 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0050  tRNA-Ala  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00234368 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  90.41 
 
 
73 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  90.41 
 
 
73 bp  89.7  8e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  95.92 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0018  tRNA-Ala  95.92 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.916069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0003  tRNA-Ala  95.92 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0157571  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  95.92 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  87.67 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  86.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0045  tRNA-Ala  86.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0202623  normal  0.372348 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  90 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  88.89 
 
 
155 bp  60  0.00000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.435087  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0013  tRNA-Ala  86.89 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0927028  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309149  tRNA-Ala  86.89 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0382478  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0030  tRNA-Ala  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0510531  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0009  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2507  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2773  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0009  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0078  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2213  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2460  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16771  hypothetical protein  92.31 
 
 
120 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.147868  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  90.48 
 
 
73 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309191  tRNA-Ala  88 
 
 
73 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0032  tRNA-Ala  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0455  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.654471  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13041  hypothetical protein  88 
 
 
165 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.195099 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  90.48 
 
 
147 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  90.48 
 
 
73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309346  tRNA-Ala  88 
 
 
73 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.190165 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0022  tRNA-Ala  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0140514  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>