157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Ala-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000058592  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0052  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R07  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0001  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.200882  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.734011 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000301607  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t009  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t010  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t011  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t012  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t041  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0171  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.711863  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0015  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.905096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0079  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0192774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0404  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.440416  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0904  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0055  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0111  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0112  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00598062  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0113  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0113631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.109226  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103497  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.245105  hitchhiker  0.0000314359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.241755  hitchhiker  0.0000336361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0130  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.172739  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0131  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.170328  normal  0.756339 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0132  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.162906  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0133  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.264398  normal  0.76185 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0070  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0206206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000341409  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0115  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000481098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0116  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00123496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0117  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000453087  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0170  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.925089  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000228112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0079  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000539441  normal  0.0509646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000165376  normal  0.0217051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000532725  normal  0.462628 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0118  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0535313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0119  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0120  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0581701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0121  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0591922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0122  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0586891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t03  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0817849  normal  0.184759 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.20749  normal  0.181442 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000824299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0067  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000341896  normal  0.918683 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000213337  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0057  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.400926  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0107  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0660443  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0108  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.038773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0109  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0415869  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0110  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0760106  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000852729  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000101194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0122  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000463735  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0123  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000452322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0124  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000481444  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0125  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000438642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0701106  hitchhiker  0.000966251 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0691612  hitchhiker  0.000941465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.425425  hitchhiker  0.000935179 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0088  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0095  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02271  normal  0.395176 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0095  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000455867  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0098  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00206816  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0166  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0167  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>