268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0052 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R07  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0082  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000900182  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt014  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0018476  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0404  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.440416  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0049  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0016  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0046  tRNA-Thr  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000058592  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3208t  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3120t  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000534878  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1108t  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3193t  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0908668  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3123t  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000529436  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027196  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0415  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0379576  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>