299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0020 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0052  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309366  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.983743  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>