299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0001 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0001  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.200882  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0068  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000142194  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0044  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0017  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309174  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0001  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309270  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000058592  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0037  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000548413  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309133  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>