299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0019 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 75 bp  97.6  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0029  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0020  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.569703  normal  0.360507 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0048  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000131085  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0011  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0488568  normal  0.109473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0011  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0002  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309270  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0001  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.200882  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0700  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309213  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>