281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0062 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0029  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0075  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0074  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0046  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0030  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0007  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>