62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0075 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0075  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0074  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  87.3 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0046  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0008  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0978186  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0005  tRNA-Thr  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.570473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0052  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0033  tRNA-Ala  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t26  tRNA-Cys  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.286394  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0004  tRNA-Thr  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0021  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.178891  normal  0.0364051 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>