84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0042 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 80 bp  103  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0055  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000146939  hitchhiker  0.0000109613 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0029  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.264372  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0045  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000186753  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0033  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0083  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000950748  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0033  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0026  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000262192  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0056  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0042  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000616467  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0048  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0031  tRNA-Pro  83.54 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0058  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210923  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000307763  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>