119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0054 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0030  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0033  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0060  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000216222  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0048  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0058  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210923  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0002  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000768997  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0041  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt29  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0108  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0035  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124879  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0042  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000616467  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0035  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000012695  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000102441  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>