194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0023 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 71 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0030  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>