131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0069 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0001  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.600067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124879  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000012695  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0048  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0058  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210923  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0040  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.181284  normal  0.105985 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>