118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0040 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.181284  normal  0.105985 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0011  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.908816  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0023  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4331  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521695  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0032  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00803703  normal  0.488236 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0021  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0028  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0010  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>