231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0013 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1731  hypothetical protein  97.78 
 
 		 534 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.263329  normal  0.0279515 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0038  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000418206  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0045  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000857544  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.226409  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0297  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000682634  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0563  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 69 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>