141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0018 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0042  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.354382  normal  0.128638 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0030  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.249196  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0044  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00846239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>