104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_t33 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0029  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>