293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0033 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>