126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0020 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  93.24 
 
 
77 bp  107  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  90.54 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  96.23 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  97.87 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  92.06 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  97.87 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  97.87 
 
 
79 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  97.87 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  97.87 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  92.98 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  92.98 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  92.98 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  92.59 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  89.36 
 
 
78 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  89.36 
 
 
77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  89.36 
 
 
78 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  89.36 
 
 
78 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  83.78 
 
 
77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  83.78 
 
 
79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  89.13 
 
 
78 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  89.13 
 
 
78 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  89.13 
 
 
78 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.719402  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.471036  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.267148 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  91.67 
 
 
84 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>