88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0012 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0030  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0016  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.562679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0036  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.854216  normal  0.308389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0031  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647879  normal  0.980358 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0064  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0296327  normal  0.0688204 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>